Botka Endre felesége Alexandra, akit 2017 őszén jegyzett el a Ferencváros és a magyar válogatott védője. 2019 tavaszán összeházasodtak, majd év végén megszületett az ifjabbik Endre, aki bearanyozza a focista és kedvese mindennapjait.
A labdarúgó elmondása szerint:
„Álmomban sem gondoltam volna, hogy édesapának lenni ilyen nagyszerű érzés. Rengeteg pluszenergiát ad a kisfiam. Már régóta vágytam egy gyerekre, de el nem hittem, hogy ilyen csoda vár rám. Fél éve lett teljes a mi kis családunk. Ha esetleg nyűgös, vagy fáradt vagyok, elég csak ránéznem a kisfiamra, és rögtön tovaszáll minden problémám. Szinte az első pillanattól fogva éreztem, hogy kisfiam lesz. Alexandra terhessége elején, amikor az ismerősökkel és barátokkal a babáról esett szó, mindig magabiztosan mondogattam, hogy a párom kisfiút hord a szíve alatt. Ennek ellenére egy kislánynak is nagyon örültem volna, de ez talán egy apai megérzés volt.”
Lánykérés
Éppen egy Meccsre mentünk, amikor átgondoltam, hogy meg kellene kérni Szandra kezét. Egy barátomnak szóltam, gyorsan vegyen egy gyűrűt, és hozza el nekem a meccsre. Amikor hazamentem, Alexandra éppen főzött. Letérdeltem, és megkértem a kezét.
